耕地承包后种植树木，申请确权办理林权证不是单纯核发林权证的问题，而是需要承包人强烈要求，当地村组及乡镇同意，经国土部门与林业部门之间相互沟通协调达成一致意见，在注销耕地的前提下再初始登记核发林权证，否则任何单方面的登记都是无效的。下面就上述问题做一个详尽的分析。
耕地性质的改变必须经过国土部门审核同意，并按照相应程序注销
我国虽然地大物博，但是个资源匮乏的国家，不仅耕地面积少，林业面积也不多，在确保耕地不减少和大力拓展林业发展空间的政策下，国土与林业两个部门不断扩大自己的“地盘”，国土向山上发展，林业向耕地扩充，以至于国土的“三调”耕地面积与林业的森林资源清查林地面积相互交织重叠，一时难以很准确地界定，这是很多地方都普遍存在的问题。
毕竟耕地是解决民众温饱问题的基本保障，因此一直以来，除极少数生态区位重要、坡度较大、水土流失严重、沙化石化严重的耕地经国土部门同意退耕还林外，其它耕地是不允许种植树木改变耕地性质的。即使承包者迫于某些无奈种植了树木，但在国土部门“一张图”数据库依然是耕地，任何单位单方面界定为林地国土部门都是不认可的。所以耕地变更登记为林地是需要国土部门审核同意，在注销耕地性质的前提下才可以。
林地的确权登记必须在注销原土地性质以后才具有法律效力
林地的确权登记主要依据是1981年“林业三定”核发的自留山证和林地承包责任书，属于核换发新证，对于承包耕地种植树木的林分，林业部门不会也不敢简单的单方面核发林权证的，必须以国土部门变更注销耕地性质的文书材料为依据，经承包人申请才可以受理进行初始登记，否则属于一种乱作为、滥用权力的行为，影响较大性质恶劣的还会依法追究相应当事人法律责任的，所以，也不会有哪个敢冒天下之大不韪，在未经国土部门注销耕地的前提下，单方面轻易的给申请人确权发证。
农民承包的耕地种树以后办理林权证需先经国土部门同意，注销耕地才能核发林权证
那么对于农民承包耕地种植树木拟申请登记林权证该如何办理呢？首先要有充足的理由，如实施国家重点工程退耕还林，退耕还林项目一般都是林业部门与国土部门相互沟通认可的，完全可以按法定程序由国土注销耕地，林业登记林地的；其次就是承包的耕地生态区位重要、水土流失严重、沙化石化严重，的确不适宜作为耕地耕种。这个需要承包人申请，当地村组及政府同意，国土部门审核认可注销耕地，林业部门才能变更登记为林地，否则就是一地两证，酿成重复发证的违规案件了，在现实中一定要注意规避。
综上所述，农民承包耕地种植树木，拟申请办理林权证，必须经过国土部门审核认定，在注销耕地性质以后，林业部门才能受理，变更登记为林地，核发林权证，否则，即使核发了林权证，也是不具备法律效力的，甚至相关当事人还会受到相应处理。
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