在苗木学上，一般认为只要有一半根系能够吸收养分就能满足树体的需求。断根的数量毕竟有限，不可能损伤所有的根系，因此可以认定，部分断根不会对苗木造成不良影响。
苗木专家认为，树体衰老一般先从根系开始，根系修剪更新有着和地表上部枝条修剪同样重要的意义。这时应当改变过去尽量少伤根的观念，而应对其进行有目的地修剪。
根系光秃严重的，可疏大根或短截中等粗度的根，刺激根基部伤口处发根；根系分支少的，要适当短截促发分枝。尤其是在黏土地，根的单轴延伸能力强，短截效果最好。
可以说，断根相当于对根系进行修剪，其修剪反应和树上短截一样，在伤口下会长出大量的新根。原来的一条根变成了8-10条新根，原来的老根变成了新根。
苗木的根系是分级次的。原来的老根已经进化为输导根，输导根的作用主要是输送养分。断根后，新长出的根叫生长根，是吸收根的母根。吸收根寿命很短，一般不会超过一个月。通过断根使生长根上长出吸收根，使营养源源不断地输送给苗木，才不至于出现吸收根大量死亡、树上养分接续不上的现象。
春季断根的时间是春季土壤化冻后至萌芽前，与春季移栽的时间是一致的。夏季断根的时间是雨季到来时，大约时间是7月-8月中上旬。
■ 第一，断根时下挖的形状与出售时起挖的土球形状一致。
■ 第二，容器苗要定期检查底部根系的生长情况，并进行切断。
■ 第三，断根后根系并无必要在空气中暴露，可直接将土回填。如果土壤过于潮湿，可晾根晾土，防止产生水涝。
■ 第四，已经出现或极易感染土传病害的树种不建议断根。建议先进行土壤消毒，待土壤恢复适当潮湿度再断根。此外，在断根前工具也要进行消毒。
随着机械的发展，断根的方法也越来越丰富。机械挖树断根在国外已有几十年的经验可循，而国内的机械挖树断根才刚刚起步。现在更多的人采用标准化苗圃种植，而机械挖树断根最适合的施工场地就是标准化苗圃。
在使用挖树机断根时，首先要根据客户要求调控土球的大小，不同的苗木品种和规格所保留的土球大小是不同的。如果客户不清楚土球大小如何控制，可找专业人员进行指导。如果出售时要起挖2米的土球直径，则须根要留在2米范围之内，并且须根长度为15厘米左右，即切根时保留的土球直径是1.7米，半径是0.85米。
确定好土球大小后，挖树机会利用液压刀板切断根茎，采用回刀技术，一次性切断底部根茎。这种切断方法可在一定程度上减少苗木根系损伤，提高树木成活率。
如果断根后需要运输，则将根据需求把土球放入特别定制的铁丝筐内。放入铁丝筐中可延长树木的运输距离，减缓树木水分流失。
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