《方案》提出，要转变农业发展方式，加快农业绿色发展，走产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的现代农业发展道路，走乡村绿色发展之路，率先建成绿色生态农业强省。到2020年，农业资源保障能力进一步增强，全省耕地保有量不少于3719万亩，划定永久基本农田3164万亩，耕地质量提升0.5个等级；农业面源污染得到有效防治，农药和化肥使用量实现负增长、利用率均达到40%，农膜回收率达到80%，秸秆综合利用率达到85%，畜禽粪污综合利用率达到75%以上；农业生态环境明显改善，全省退耕还林30万亩，森林覆盖率达到60.5%以上，森林蓄积量达到6.43亿立方米，乡村绿化覆盖率达到30%以上，湿地面积不低于2630万亩；绿色优质农产品供应能力进一步增强，粮食综合生产能力稳定在1200万吨以上。
《方案》要求，落实岭南特色现代农业功能区制度，建立岭南特色农业布局制度，建立相对贫困村农业绿色开发机制，着力构建岭南特色现代农业发展新格局。到2019年年底前划定粮食（水稻）生产功能区1350万亩、重要农产品（天然橡胶）生产保护区60万亩；到2020年建设现代农业产业园150个和“一村一品、一镇一业”农业特色专业镇200个。
《方案》要求，建立健全耕地保护和轮作休耕制度、完善农业节水机制、健全岭南农业生物资源保护与利用体系，加强农业资源保护与节约利用。到2020年，建设高标准农田2556万亩，基本完成中型及小型灌区取水许可证发放工作，全面实施农业取水许可管理。
《方案》提出，要建立健全产地环境保护与治理制度，划定农用地土壤环境质量类别，实施农用地分类管理，建立工业和城镇污染向农业转移防控机制。建立农业绿色循环低碳生产制度，实施农业产业准入负面清单，根据土地承载能力，依法关闭或搬迁禁养区内畜禽养殖场（小区）和养殖专业户，适度调减珠三角等水网地区养殖总量，引导畜牧业生产向环境容量大的农区和山区转移。健全农业投入品减量使用制度，深入推进化肥农药使用量零增长行动，推广测土配方施肥、有机肥替代化肥。建立农业废弃物资源化利用制度，推进畜禽养殖废弃物资源化利用设施标准化建设和升级改造，落实畜禽规模养殖环境评价准入制度，完善畜禽养殖污染监管制度。到2020年，全省生猪出栏量稳定在3300万头以上，生猪自给率稳定在60%左右，生猪养殖规模化率达到65%以上；测土配方施肥技术覆盖率达到90%以上；规模养殖场粪污处理设施装备配套率达到95%以上，大型规模养殖场粪污处理设施装备配套率提前一年达到100%。
《方案》提出，要建立农业绿色生态系统，构建岭南田园生态系统、加强水生生态保护修复、推进湿地公园和热带雨林建设。到2020年，全省绿化美化村庄1.6万个，建成全国休闲农业和乡村旅游示范县10个、中国美丽休闲乡村20个、广东农业公园50个、省级休闲农业和乡村旅游示范镇（点）400个，建立国家级海洋牧场示范区14个，建成湿地公园280个以上。
《方案》强调，要构建支撑农业绿色发展的科技创新体系，完善农业生态补贴制度，建立绿色农业标准体系，完善绿色农业法规体系，建立农业资源环境生态监测预警体系，推行市场化机制，健全农业人才培养机制，不断强化农业绿色发展的创新驱动与约束激励。加大涉农财政转移支付资金对农产品主产区的支持力度，建立生态公益林分区域差异化补偿制度，到2020年，省级以上生态公益林效益补偿标准提高到平均每亩40元。
