既然精品苗木供不应求，为什么还要生产不符合市场需求的低质量苗木？结合我国大部分苗圃的情况，他们在苗木生产过程中往往存在以下问题：
土壤结构恶化、肥力降低
为保证苗圃地培育出高质量的林苗，首先必须选好苗圃地，苗圃地的选择直接决定了林苗的生产数量和生产质量。一些从业者在选择苗圃地时，盲目定位，结果选择了自然条件较差的地方，比如地势过高，导致排灌困难；或是不具备苗木培育所需的光、热、水等条件，严重影响苗木生产的质量。
其次，对苗圃地采取连年耕作的经营模式，且在育苗过程中没有对苗圃地进行必要的养护和土壤改良，长期大量使用农药和施用化肥，导致土壤结构严重恶化、土壤肥力下降，加上每年起苗带走很多土壤，最终导致苗圃地的土壤质量恶化。
育苗技术落后，忽视苗期管理
目前，不少小型苗圃仍在采取较为传统的育苗技术，比如使用蜂窝纸、埋料袋等装上粘土进行林苗培育，这样的育苗方式会使得苗木产生根系纤细、卷根等问题，对苗木移栽后会产生非常不利的影响。
同时，在苗期对苗木缺乏有效管理，没有做好必要的准备工作，也会造成林苗质量下降。比如在育苗准备阶段，没有对苗圃地进行施肥和整地，没有对土壤进行消毒，或是在苗圃育苗过程中，没有采取有效的虫害防治措施防治害虫对苗木的侵害等等。
育苗栽培方式、基础设施滞后
首先，大部分苗圃都采用传统的露天栽培模式，栽培密度大，这样的培育方式受自然条件影响较大，并且在育苗过程中新的育苗技术还未普及，严重影响苗木质量。
其次，苗圃地基础设施滞后，设备老化，无法满足高质量育苗培育的要求，且在苗圃育苗过程中，大多数苗圃地因缺少必要的种子和土壤检测仪器设备，而未在播种前进行相关检测，以至于造成了严重的资源浪费和财产损失。
问题出现了就要想办法解决，基于以上问题，有以下几点建议：
苗圃地的选择与改良
1）苗圃地的选择
优先选择地势平坦开阔，水源充足、避风向阳，土壤肥沃的地块，要保障水源的供应，选择排水良好的地方，决不能选择地势太高排灌困难或地势低洼易积水的田地。此外，所选地块应保障土层较深，土壤结构疏松、透气性能良好。同时要考虑交通条件，以方便苗木运输，从而降低运苗过程中苗木失水程度，保障苗木质量。
2）苗圃地的土壤改良
通过采用合理细致的耕作方式和对土壤进行有机施肥可以有效改善土壤结构，提高土壤保肥保水能力，为苗木创造一个良好的生长条件。
一是对苗圃地进行合理耕作，改善土壤的结构和理化性质，增强土壤的透气性和透水性，这样有利于苗木根系在疏松的土壤中进行充足的养分和水分吸收，同时也有利于加快土壤中微生物的分解，为土壤提供一定的养分，增强土壤肥力。
二是增施有机肥料。要想对苗圃地进行土壤养护和改良，最有效的办法就是增加土壤的有机肥料。传统的方式往往是为土壤施加化肥和农药，这样通常会适得其反，导致土壤结构严重恶化，土壤肥力下降。正确的做法是为土壤施加一定的有机化肥，以促进土壤中微生物的分解，改善土壤结构，提高土壤肥力。通过施加有机化肥的方法有三种：基肥、种植绿肥、追肥。
3）育苗地休闲轮作
育苗地休闲轮作能够有效改善土壤结构，增强土壤肥力，同时也是充分利用土壤养分、防治病虫害的一种有效措施。
休闲是恢复林业苗圃地肥力的有效方法。在经过一次苗木培育后，苗圃地的土壤肥力必然降低，为保持土壤肥力，提高苗木质量，最好的方法就是在起苗后，将苗圃地闲置一年，待杂草腐烂在土地中后在进行耕种，这样可以恢复土地的肥力，保障林业苗木的质量。
而轮作法是指待苗木出圃后，种植一年农作物或其他不同苗木，因为不同的农作物和不同的苗木需要的养分不同，这样一方面可以有效利用土壤养分，另一方面可以为下一次育苗准备必要的肥料。通常苗木轮作可以采取小苗和大苗、深根树种和浅根树种相交替的方式进行。
做好苗期管理工作
在林业育苗过程中，加强苗期管理工作能有效地将育苗技术运用到实践中来。
首先，要做好苗木种子的处理工作，对苗圃地进行合理施肥和细致整地并对土壤进行消毒，做好育苗的前期准备工作，为林业苗木的生产提供一个良好的生长环境，这也是保障苗木健康生长的基本条件。
其次，在林业苗木出土前，要保持土壤湿润。待苗木出土到达 30% 左右时，要及时做好苗木的病虫害和草害的防治工作。对于苗木灾害的防治，要根据病虫害程度和当地的实际情况，采取多种防治方法进行综合防治，比如对于病虫害的防治，先要了解掌握好苗圃病虫害的发生规律，综合运用人工防治、化学防治和物理防治方法。
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