根据《关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）（以下简称37号文）和国家税务总局2017年第19号公告，从2017年7月1日开始执行简并后的增值税税率（8月1日开始申报）。
根据37号文中附件一中适用11%增值税税率货物范围注释，农业产品具体征税范围继续沿用财税字〔1995〕52号及现行相关规定。 苗木类应属于农业产品-植物类-园艺植物/林业植物/其他植物，因此其相关增值税抵扣应属于农产品增值税抵扣的范畴。
一、纳税人销售或进口苗木，税率为11%。
二、纳税人购进苗木，按下列规定抵扣进项税额：
纳税人取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；
纳税人取得小规模纳税人（按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税）去税务机关代开的增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；
纳税人取得苗木销售发票或开具收购发票的，以苗木销售发票或收购发票上注明的苗木买价和11%的扣除率计算进项税额。
可抵扣进项税额＝增值税专用发票上注明的金额 (或苗木销售发票或收购发票上注明的苗木买价)× 扣除率11%
建筑企业不适用：
营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。主要看你销售时的税率，如果销售时税率是17%扣除率就是13%，销售时税率是11%，扣除数就是11%。
三、购进苗木抵扣进项税额的扣税凭证
1、从生产环节购进苗木
农业生产者销售自产的苗木免征增值税，免税货物不得开具增值税专用发票。购买方可以以苗木销售发票或收购发票作为扣税凭证抵扣进项税额。苗木销售发票是指农业生产者销售自产苗木适用免征增值税政策而开具的普通发票。
1、农业生产者是税务登记户，销售时应向购买方开具苗木销售发票。纳税人向已办理税务登记的农业生产者购买苗木取得农业生产者开具的普通发票时，最好在备注栏内或具体苗木名称后注明“农业生产者自产”，避免抵扣进项税额时产生不必要的麻烦；
2、农业生产者是农民个人，销售时购买方应向农民个人开具苗木收购发票，或去税务机关代开销售发票，备注农业生产者自产；
3、购买方到外县市收购农民个人的苗木，不能携带空白的收购发票到收购地开具，可以在收购后回机构所在地开具苗木收购发票邮寄给农民个人，也可以由农民个人到税务机关代开普通发票。
2、从批发零售环节购进苗木
1、如果批发零售商是增值税一般纳税人，可以开具增值税专用发票；
2、如果批发零售商是小规模纳税人，可以自行开具增值税普通发票（不属于苗木销售发票，不可作为扣税凭证）或去税务机关代开增值税专用发票。
一般纳税人从批发零售环节购进苗木，必须以销售方自行开具或者申请税务机关代开的增值税专用发票作为扣税凭证。
3、进口苗木
纳税人进口苗木应以海关进口增值税专用缴款书作为扣税凭证。
重要说明
一、37号文对“销售发票”的概念进行了重新界定。
根据36号文规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：进项税额=买价×扣除率。（买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。）财税[2012]75号文规定，准予抵扣的农产品销售发票，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率缴税的普通发票。批发、零售纳税人免税普通发票不得作为抵扣凭证。
37号文颁布以前，购进免税苗木无法得到进项税额抵扣。只有从小规模纳税人处购进应税苗木，才可以按照增值税普通发票上注明的价税合计额和13%的扣除率计算抵扣进项税额。
37号文颁布以后，购进免税苗木可以凭取得或开具的销售发票或收购发票抵扣进项税额。同时，从小规模纳税人处购进应税苗木，必须取得增值税专用发票才可以进行抵扣。
举例：
| 取得发票时间 | 2017年7月1日之后 | 2017年7月1日之前 | ||
| 取得发票类型 | 取得专票 | 取得普票 | 取得专票 | 取得普票 |
| 可抵扣进项税额 | 10000×11%=1100 | 0 | 10000×3%=300 | 10300×13%=1339 |
二、摒弃了价税合计抵扣的方法，采用不含税价计算抵扣。
举例：
| 购进来源 | 从一般纳税人处购进 | 从小规模纳税人处购进 | ||||
| 取得发票类型 | 苗木非自产 | 苗木自产（免税），取得普通发票 | 苗木非自产 | 苗木自产（免税），取得普通发票 | ||
| 专票 | 普票 | 专票 | 普票 | |||
| 可抵扣进项 | 11000/（1+11%）×11%=1100 | 0 | 11000×11%=1221 | 11000/（1+3%）×11%=1185 | 0 | 11000×11%=1221 |
计入的成本为价税合计额减去可抵扣进项税额。
三、开具收购发票时需要留存农民身份证明以及村级以上人民政府出具的自产自销证明备查。农民专业合作社、农场以及农业开发公司等农业生产单位开具的自产免税苗木销售发票，初次购买时可以要求对方提供免税备案表复印件证明是销售自产免税苗木。
各地税务机关对于抵扣解释不一，有些地区税务局回复收购发票已经取消，销售发票抵扣时需携带相关证明（农户身份证，自产自销证明）去税务机关进行认证后方可抵扣。但对于购买应税苗木取得的增值税专用发票，一律可以抵扣。
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