征求意见稿规定，市、县(市)区人民政府要保障用于湿地保护工作的经费，将其列入同级财政预算，专款专用。应完善生态补偿机制，制定生态补偿办法。探索建立多元化补偿机制，完善生态保护成效与资金分配挂钩的激励约束机制。
针对湿地占用问题，征求意见稿明确规定，禁止任何建设单位擅自征用、占用湿地。确需征占用的，应当依法办理相关手续，并给予补偿。确需临时占用湿地的，占用单位应当提出可行的湿地恢复方案，经市级林业行政主管部门同意。不得修筑永久性建筑物或者构筑物，不得改变湿地生态系统的基本功能，期限不得超过2年。
违反条例规定，在湿地范围内有下列行为之一的，按照规定进行处罚，构成犯罪的依法追究刑事责任：擅自围垦、填埋、占用湿地或者改变湿地用途的，处每平方米10元以上30元以下罚款;擅自排放湿地蓄水、截断湿地与外围水系联系的，处3000元以上1万元以下罚款，情节严重的处1万元以上3万元以下罚款;违规捡拾、破坏鸟卵或者猎捕、毒杀水鸟及其他野生动物的，处500元以上3000元以下罚款，情节严重的处3000元以上1万元以下罚款;擅自移动、破坏湿地保护界标、标志或者监测设施的，处1000元以上5000元以下罚款，并依法赔偿相应损失。
