1、苗木受冻
由于秋季苗木栽植过晚，或经过长途运输，在栽植之前经受低温，造成苗木发生冻伤或根系脱水，并且栽植时没有对根系进行必要的修剪，导致根系进入春季伤口恢复困难，新根萌发困难，苗木不能及时从土壤吸收水分而影响芽的萌发。针对这类苗木，应在栽植前做好处理。如若栽后发生发芽困难，则要及时进行起挖，进行根系修剪处理至健康部位，然后再重新栽植，并用生根剂进行促根处理。
2、定植后没有浇灌定根水
在一些山区或者墒情较好的地方栽植，由于栽后没有水源或人为土壤水分含量高而不进行浇灌定根水，导致根系不能与土壤紧密结合而无法吸收足够的水分满足萌芽，使苗木发芽困难，延迟发芽或不能发芽。针对该情况，要在温度合适时，及时进行灌水，使苗木得到足够的水分供应，往往能很快转变，萌芽生长。
3、购买的低质量苗木
有些苗木是经过冬储的苗木，在购买的时候，没有进行甄别，购买了一些储藏有问题的苗木进行栽植，也会导致栽后迟迟不发芽长叶的现象。如根系霉变、苗木含水量低、冬储发生轻微冻伤的苗木。
4、栽植过深
栽植过深，是小苗栽植常发生的一个现象。这种现象往往会造成栽后苗木呼吸作用降低，苗木生长势下降，导致苗木发芽困难或延迟。发现栽植过深后，要及时拔除附近过厚土壤或重新抬高栽植。
5、苗圃套种不合理
在苗木栽培过程中，由于早期苗木较小，为了合理利用土地，常常会进行套种栽培。对于小苗栽植过大的苗木或栽植过密的作物，往往造成光线不好或空气流通性变差，导致苗木栽后萌芽困难。针对该现象，应及时挪除高大苗木或对栽植过密的农作物进行拔除。
6、起垄栽培
部分苗圃地栽植苗木，很多时候是栽植在垄上，而有时起垄不标准，起垄过窄，导致根部土壤太少，甚至根系裸露、水分不足，也会造成萌芽困难。应及时进行加宽垄面。
7、倒春寒影响
有些年份，由于春季发生倒春寒，造成部分苗木受冻，导致发芽迟缓。这类苗木一般要进行修剪处理，严重时要进行苗木更换。
8、弱苗
有些苗木本身就弱，自身营养储备较少，这类苗木也会发芽比较迟缓。这类苗木可以进行二次定干，降低高度，有助于促进发芽。
9、枝干发生病变
有些苗木，容易发生枝干溃疡病或腐烂病，导致枝干病变，发芽困难或死亡。如海棠、苹果等苗木，很容易发生病变，应对苗木进行提前喷施杀菌剂消毒处理。
