对于一、二年生苗木，可在杂草萌发前使用对苗木安全性较高的除草剂。例如用2.5%除草醚可湿性粉剂每亩400-600克，拌过筛干细土每亩40公斤撒施，可防除1年生菊科和禾本科杂草，有效期可达1个月。此外，也可在杂草生长旺盛期使用一些除草剂进行茎叶处理，如用12.5%盖草能乳油每亩40-80毫升，加水40公斤，配成药液喷洒，能有效防除多种一年生禾本科杂草。如苗圃中双子叶杂草较多时，也可用10.8%高效盖草能乳油加3.5%果乐乳油混用，配比1∶1，有针对性地在苗木行间进行叶面处理，能有效防除一年生单、双子叶杂草，对苗木生长无不良影响。
对于两年生以上的苗木，可选用除草醚或50%扑草净可湿性粉剂每亩100-200克，拌过筛干细土40公斤撒施，可防除看麦娘、早熟禾、千金子、荠菜、旱稗、马唐等杂草。对于基干较高、二次移栽的大苗及幼树，可在树冠下用10%草甘膦水剂每亩750毫升，或20%百草枯水剂每亩100-200毫升，40%阿特拉津悬浮剂每亩150-250毫升，配成药液，喷于土表。
可根据茎叶形态差异用药。有些阔叶苗木如茶花、含笑、广玉兰、女贞等，也可用草甘膦定向喷雾进行茎叶处理；其他阔叶苗木如合欢、紫荆、木槿等，不能用草甘膦，但在萌芽前可用24%果乐乳油每亩10-15毫升，拌干细土制成干药土撒施，然后用清水洗苗，防除一年生单、双子叶杂草效果好，而对苗木无害。一般针叶花木比阔叶花木抗药性强。对于金钱松、松柏、侧柏等，可用10%草甘膦水剂每亩750毫升，加水配成药液直接进行茎叶处理，能有效杀死茅草、刺儿菜、苦卖菜等多年生杂草，对苗木比较安全。
为安全起见，对一些比较稀有的珍贵花卉，如在西洋鹃、茶梅等种植圃地用药要格外谨慎。可在杂草15厘米左右时，用草甘膦配成0.3%-0.4%浓度的药液涂于杂草茎叶，这样可避免药液触及苗木而引起药害，也可在杂草萌芽前用25%除草醚可湿性粉剂每亩400-600克制成药土撒于苗床，随后扫净落在苗木上的药土。此外，也可在杂草萌芽前用48%氟乐灵乳油每亩80-100毫升，加水50升，配成药液喷于床面，然后用清水洗苗，待苗上水分散干，再用适量细土覆盖，以免氟乐灵挥发、光解而影响药效。
对于叶片革质、表面有蜡质层的含笑、茶花、女贞、广玉兰等和茎叶具芳香脂的松柏类花木，因其耐药性较强，故利用草甘膦等选择性较差的除草剂，在晴朗无风天气喷于杂草茎叶。对于叶片薄、蜡质少的碧桃、法国冬青和叶面有绒毛的芙蓉、麻叶绣球等花木，因其耐药性较差，只能用盖草能这种选择性强、安全性高的除草剂进行茎叶处理。
在使用除草剂时有一些注意事项。使用20%百草枯水剂，必须在插条芽萌动前进行，芽萌动后禁用。在苗圃里使用65%草甘膦可溶性粉剂和20%百草枯水剂，一般不用微型超低容量喷雾，以防因药液漂移对苗木产生药害。10.5%高效盖草能乳油和23.5%果尔乳油可以混用，也可交替使用，有利于防除苗圃中的单、双子叶杂草。
