因此，高锰酸钾是一种药肥兼用，无毒、无残留、无公害的难得的杀菌剂。其在植物病害防治方面主要体现在以下几点：
防治猝倒病、立枯病
矮牵牛、一串红、万寿菊在出苗后，每7～10天用800～1000倍(先稀后浓)喷雾。据试验，高锰酸钾对苗期猝倒病防效高达97％，效果显著优于多菌灵、代森锌、五氯硝基苯、敌克松等农药。
防治霜霉病
实践证明，用高锰酸钾防治植物霜霉病具有良好的效果，明显优于百菌清、代森锌等农药。如瓜叶菊在出苗后2叶1心到开花前用高锰酸钾800～600倍液喷雾，5～7天1次，连喷4次，可有效预防霜霉病的发生。倘若出现中心病株，用高锰酸钾600倍液连喷3次，间隔期为5天，对霜霉病具有良好的防治效果。
防治软腐病
高锰酸钾可有效防治一串红、金鱼草、万寿菊的软腐病。如播种前高温清水预浸1小时后，捞出再放入高锰酸钾1000倍液中浸种2小时，并在苗期用800～600倍液喷洒3～4次，可有效防治软腐病，并可兼治霜霉病。
防治病毒病
用高锰酸钾防治植物病毒病的效果显著优于病毒A、菌毒清等农药。在发病初期，用600～800倍液，对全株进行喷雾，5～7天一次，连喷3～4次。若用高锰酸钾与双效助壮素病毒K等量混用800～1000倍液，防治病毒病效果更好，不仅可控制住病毒病蔓延，还能使植株病状消失并恢复生机，具有起死回生的作用。但应注意防治病毒病前，应先对植株上的刺吸式害虫进行防治，以防昆虫传毒。
播种土消毒
将高锰酸钾配成800～1000倍溶液，用喷雾器进行细致喷洒，喷后用塑料薄膜覆盖7天，用此药土进行播种可有效预防植物苗期的立枯病、茎腐病、猝倒病等。
配制高锰酸钾溶液用井水、河水、自来水等均可，但忌用死水、污水、热水等，否则会降低其杀菌效果，因高锰酸钾与有机物发生还原反应，会生成二氧化锰，而失去杀菌效力。故只能外用，且只能随配随用。
棚室灭菌消毒
将高锰酸钾加入福尔马林溶液中产生甲醛蒸气，对食用菌接种箱、室进行消毒，具有很好的灭菌效果。熏蒸时，每立方米空间用福尔马林10毫升装于杯内，迅速加入高锰酸钾颗粒5克，密闭箱、室熏蒸4～6小时。
在使用高锰酸钾喷雾时，应注意配药时不断搅匀，使药剂颗粒全部溶解，并随配随用，防止久放氧化失效。另外，喷药应选择在上午9时左右或下午4时以后进行。7叶前幼苗喷药5分钟后及时用清水冲洗；幼苗期用低浓度，成株期用高浓度。
