1.银杏苗叶枯病，在一般老栽培区比新栽培区发病严重。轻者银杏苗叶片提前枯死脱落，重者全部脱落，树冠光秃。8至9月为该病的发生高峰期。防治方法：加强管理，提倡冬季施肥，防止积水。
2.银杏苗黄化病，银杏苗早期黄化病是一种非侵染性病害，除干旱之外，地下害虫、土壤积水、起苗伤根、土壤缺肥等均可导致黄化现象的发生。防治方法：银杏苗圃地下害虫防治，及时排水，防止烂根，天气干旱时适当灌水。
3.黄蓟马虫害，该虫雌虫黄褐色，雄虫淡黄色，体长1.2毫米左右。有一对透明而细长的翅。防治方法：早春施肥，提高银杏苗叶片叶绿素含量，增强树势。
4.白粉蚧，又称桃白蚧，树虱子，盾蚧科。该虫借风力和苗木传播，每只产卵50至400只。防治方法：落叶后，发牙前20天用石硫合剂200倍，喷均树干。
