一是温室育秧与露地不同，秧盘对水分的缓冲能力有限，播种后床土水分处饱和为宜，水分过多易发生烂种。
二是层式育秧架上下层之间温度、采光差异较大，要根据秧苗生长发育的情况调换秧盘的位置，使所有秧盘采光、积温均匀，秧苗生长整齐。午间棚内温度超过30℃时要打开棚门通风换气，此时要特别关注育秧架上层秧苗生长情况，防止因上层温度过高水分蒸发量大造成秧苗萎焉。
三是在温室高温、高湿的情况下易发生立枯病、棉腐病, 一旦出现病害, 首先把有病的秧苗销毁, 然后用敌克松800倍液喷洒防治。
四是出苗后至1叶1心期间以调温控湿为主，促根下扎，温室内温度保持在25℃以内。秧苗长至2 叶1 心或苗高7cm左右时，打开温室侧帘、门进行炼苗，长至2．5-3 叶、10cm 以上时即可进行大田机械移栽。在温控上采用昼高夜低、前高后低、逐步趋向接近室外气温的调温方式。通风过程中温室门口和窗口附近空气流动快，蒸发量大，因此附近的秧盘要特别关注防止秧苗失水。
五是移栽出秧前几天注意控制水分，促进秧苗根系生长，保证秧块柔软能卷成筒，提起不断、不散、底面布满白根，形如毯状。
