未充分腐熟的厩肥、人粪尿水等，施后在发酵过程中不仅会释放大量热能烧坏种芽和根系，而且能释放氨气灼伤幼苗。因此各种农家有机肥必须经过堆沤高温发酵、充分腐熟后才能做种肥。
含有害离子的肥料（如氯化钾）施入土壤后会产生水溶性氯化物，对苗木种子发芽和幼苗生长极其不利，甚至烧种烧苗。硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对苗木种子发芽也有很强的毒害作用。
有腐蚀作用的肥料，如碳酸氢铵等具有挥发性和腐蚀性，易熏伤苗木种子和幼苗，不宜在苗木上施用，尤其忌做种肥。
有毒害作用的肥料（如尿素）常生成少量的缩二脲，其含量若超过2%对苗木种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，会使蛋白质变性，毒害苗木种子和幼根。
