1生物学混杂
大多数发生在用种子繁殖的一、二年生草花。在采种、晒种、储藏、包装、调运、播种、育苗、移栽等过程中混入了其它基因型，或距离不当，发生天然杂交，造成基因的重组与分离。这种现象在种子或枝叶形态相似和蔓性强的品种间最易发生，如香豌豆、矮牵牛、羽扇豆等。生物学混杂在异交植物与常异交植物的品种间或种间最易发生，自花授粉的植物中也间有发生，如蜀葵、鸡冠花、凤仙花、三色董、万寿菊、翠菊、金鱼草等。
2基因劣变
这种变异是由于等位基因的突变造成的。如鸡冠花的红色花冠是由显性基因控制，黄色由其等位隐性基因控制，当控制红色的显性基因突变为等位隐性基因后，花冠由红色变为黄色；相反若隐性基因突变为等位显性基因，花冠颜色则由黄色变为红色；如突变发生时间较晚，则出现红黄相嵌现象，有的出现返祖遗传，失去硕大花冠而变成原种青葙花序。这种现象在观花植物中发生较为普遍。
3病毒侵染
病毒侵染在花卉植物中非常普遍，造成的损失也很严重。目前发现，病毒引起品种退化的花卉有美人蕉、郁金香、唐菖蒲、百合、菊花、大丽花、仙客来、香石竹、植物月季等。如美人蕉感染黄瓜花叶病毒后，初期叶片出现退绿的小斑点，严重时叶片卷曲，畸形，花碎色，植株矮小，甚至枯死；百合感染花叶病毒后，叶片向后卷曲，植株矮小，花畸形，甚至不能正常开花。病毒感染一般是因刺吸式口器昆虫如蚜虫、蓟马、叶蝉、飞虱等为害时传播，也可通过嫁接、摘心、打杈等操作管理造成的伤口接触感染。
4繁殖方法不当
如金鱼草、矮牵牛的蒴果大小由花序下部向上递减，波斯菊放射花结的种子大而重，中盘花种子轻而小，若用花序上部或中盘花种子繁殖，则苗细弱，生长不良；又如五色鸡冠花，绞纹凤仙花，未在典型花序部位采种；或二色观叶植物如吊兰、变叶木、鸭跖草、银边天望葵、金心黄杨等，剪取了没有典型性状部位的器官进行扦插，往往失去其原有的典型性。
5栽培环境不适引起的退化
如喜冷凉的大丽花、唐菖蒲等，若栽培在湿热地区，往往生长不良，花朵变小，花序变短；又如耐荫花卉种植在阳光过强的地方，花卉品质会大大降低。
