银杏树的修剪方法和其他果树大致相同，但在具体运用时有所区别。冬季修剪的主要方法有：短截、疏枝、缩剪和刻伤等；夏季修剪的主要措施包括：抹芽、除萌、疏枝、环剥、倒贴皮及疏花疏果等。冬、夏修剪结合，增产效果明显。
短截。主要作用是促生分枝，提高成枝力，改变枝条的延伸方向和角度，促进局部枝条和结果基枝的长势。银杏的壮枝，短截越重，抽生的新枝越壮。一般在壮枝剪口下，可抽生2～3个新枝；弱枝短截后，则发枝很少或不发枝。为转换主、侧枝的位置，或改变其延伸方向，可破除短枝顶芽，促生长枝。
疏枝。为培养主枝，加大层间距离，修剪时需适当疏除轮生枝和邻接枝。大村上的徒长枝，不能利用时，也应及时疏除。树体长势减弱，外围发育枝细弱密集、影响内膛光照时，可疏除部分细弱枝。银杏树短枝多，长枝少，内膛枝条易密挤，需及时剪除枯萎枝、衰老枝、下垂枝和直立性徒长枝，而对其余枝条，则不宜疏除过多。
缩剪。幼龄银杏树需增加枝叶量，所以一般不用缩剪，老树更新时多用缩剪。缩剪时，除衰老、残缺的结果基枝外，对骨干枝也可按从属关系回缩。为防止剪口失水干枯，影响剪口芽的萌发，应在剪口上多留5厘米左右的枝段，为改变先端枝条的延伸方向，加大或缩小枝条的开张角度，改变树冠内的通风透光条件，都可应用缩剪。
刻伤。为促进隐芽萌发，冬季，在芽的上方刻伤，于春季萌发成枝；夏季，在芽的下部刻伤，有利于花芽分化，也有平衡树势的作用。
在冬季修剪的基础上，再配合夏季修剪，效果更为明显。
抹芽。银杏的潜伏芽生命力强，潜伏时间长，即是千年老树，也常由基部、主干或主枝上萌发新枝，需要时，保留培养，不需要时，应在木质化前及时抹除，疏除过晚，消耗营养多，伤口大，不利愈合。
除萌的作用，和抹芽相似。
环剥和倒贴皮，利于成花，也利于坐果。环剥的时间，以6月下旬至 7月下旬为宜。环剥的宽度，以枝粗的1／10为宜，以当年能够愈合为好。环剥过宽，不易愈合，还易遭致病虫。不要在风、雨天环剥，也不要在主干上环剥，剥口也不宜涂石灰硫磺合剂或波尔多液。环剥1次，2～3年有效，在加强土肥水综合管理的基础上，效果更好。
疏花疏果。银杏短枝多，连续结果能力强，只要树势正常，年年都会大量开花。但如花量过多，负载过重，树体营养亏损时，也会出现大小年结果现象。因此，需要及时疏除多余花、果。但银杏花期短，雌花花器又小，所以生产中多不疏花，而行疏果，但银杏树体高大，疏花疏果难度都很大，所以有的地方试用化学药剂，进行疏花疏果。
