合肥具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前最好进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况，另外也要注意和单元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
复合肥肥效长，宜做基肥 大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充速效氮肥，以满足作物营养需要。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度 目前，多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分状况和农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%—30%之间，中浓度在30%—40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，品质优，残渣少，利用率高。复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5—10厘米。
复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用范围 不同品牌、不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮表施易挥发损失或随雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差，所以复合肥应深施覆土。
有机肥料必须有一个沤制发酵过程，这样才能把原料变成肥料，未经发酵的原料不能直接当肥料用。沤制肥料前应将原料粉碎，进行蒸煮等高温处理，这样不仅可以灭菌而且可以缩短发酵时间。沤制的氮、磷、钾肥最好分放在不同的容器里，放1/3原料加1/3的水，不可加满，以免发酵时溢出容器，盖子不要盖有太严，发酵时气体可以排出容器。容器最好用广口塑料桶为好，因为塑料桶不生锈，广口取用方便。也可按一定比例混合沤制氮、磷、钾复合肥。发酵时间长短视温度高低而定，温度高发酵快，夏季是发酵肥料的好时机。判断肥料是否发酵好，要看是否发臭，没有进行粉碎的象黄豆等，是否还有硬芯，发酵好的肥料臭并粘滑细腻。这样的肥料即可使用。
不合理施肥通常是由于施肥数量、施肥时期、施肥方法不合理造成的。常见的现象有：
1、施肥浅或表施。肥料易挥发、流失或难以到达作物根部，不利于作物吸收，造成肥料利用率低。肥料应施于种子或植株侧下方16～26厘米处。
2、双氯肥。用氯化铵和氯化钾生产的复合肥称为双氯肥，含氯约30%，易烧苗，要及时浇水。盐碱地和对氯敏感的作物不能施用含氯肥料。对叶(茎)菜过多施用氯化钾等，不但造成蔬菜不鲜嫩、纤维多，而且使蔬菜味道变苦，口感差，效益低。
尿基复合肥含氮高，缩二脲含氮也略高，易烧苗，要注意浇水和施肥深度。
3、农作物施用化肥不当，可能造成肥害，发生烧苗、植株萎蔫等现象。例如，一次性施用化肥过多或施肥后土壤水分不足，会造成土壤溶液浓度过高，作物根系吸水困难，导致植株萎蔫，甚至枯死。施氮肥过量，土壤中有大量的氨或铵离子，一方面氨挥发，遇空气中的雾滴形成碱性小水珠，灼伤作物，在叶片上产生焦枯斑点；另一方面，铵离子在旱土上易硝化，在亚硝化细菌作用下转化为亚硝铵，气化产生二氧化氮气体会毒害作物，在作物叶片上出现不规则水渍状斑块，叶脉间逐渐变白。此外，土壤中铵态氮过多时，植物会吸收过多的氨，引起氨中毒。
4、过多地使用某种营养元素，不仅会对作物产生毒害，还会妨碍作物对其他营养元素的吸收，引起缺素症。例如，施氮过量会引起缺钙；硝态氮过多会引起缺钼失绿；钾过多会降低钙、镁、硼的有效性；磷过多会降低钙、锌、硼的有效性。
5、鲜人粪尿不宜直接施用于蔬菜。新鲜的人粪尿中含有大量病菌、毒素和寄生虫卵，如果未经腐熟而直接施用，会污染蔬菜，易传染疾病，需要高温堆沤发酵或无害化处理后才能施用。未腐熟的畜禽粪便在腐熟过程中会产生大量的硫化氢等有害气体，易使蔬菜种子缺氧窒息；并产生大量热量，易使蔬菜种子烧种或发生根腐病，不利于蔬菜种子萌芽生长。
为防止肥害的发生，生产上应注意合理施肥。一是增施有机肥，提高土壤缓冲能力；二是按规定施用化肥。根据土壤养分水平和作物对营养元素的需求情况，合理施肥，不随意加大施肥量，施追肥掌握轻肥勤施的原则；三是全层施肥。同等数量的化肥，在局部施用时往往造成局部土壤溶液浓度急剧升高，伤害作物根系，改为全层施肥，让肥料均匀分布于整个耕层，能使作物避免伤害。
